株式会社は資本中心の組織であるのに対し、組合は組合員という限定された人を組織の基本としています。組合では、組合員1人の出資額が原則として総額の4分の1までに制限されていますが、会社にはそのような制限はありません。
総会における議決権・選挙権は、会社では株式数に比例した数となるため、大きな株主の意向による会社運営がなされますが、組合では各組合員の出資額の多少にかかわらず1人1票となっています。

相互扶助こそ組合を貫く根本精神です。会社は利潤をあげて株主に利益を配当することを目的とする営利法人ですから配当は無制限に行えますが、組合は相互扶助を目的とする中間法人であり、組合事業による剰余金を配当する場合には、各組合員が組合事業を利用した分量に応じて配当する事業利用分量配当を重視して行うことが配当の基準となっています。また、出資額に応じて行う配当は、年1割までに制限されています。

組合は組合員が自ら組合事業を利用することにより、組合員の事業に役立つことを目的としていますが、会社にはこのようなことはありません。組合は、組合員の事業を共同事業によって補完（支援）し、組合自身の利益追求ではなく、組合員に直接事業の効果を与えることを目的として行われます。また、組合の事業活動が特定の組合員の利益のみを目的として行われることも許されません。

会社は経済合理性ひとすじですが、組合はそれとともに、人間性を尊重し、組合員の地位向上を図るための組織です。会社にない制度上の特典が組合に与えられているのはこのためです。